Научные проекты
Каждый студент Института биоинформатики во время обучения занимается несколькими научно-исследовательскими проектами.
Проект подразумевает еженедельные встречи с руководителем, а также 5-10 часов в неделю самостоятельной работы.
Руководят научными проектами ведущие специалисты из научных лабораторий и компаний в Санкт-Петербурге, работающих в области биоинформатики и биотехнологий: лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАН, JetBrains, Parseq Lab, EMC2, Биокад и другие. Ряд проектов курируют иностранные специалисты (UCSD, The George Washington University, Biodatomics).
Если у вашей лаборатории или компании есть интересные задачи по биоинформатике для студентов пишите нам.
Примеры проектов: разработка алгоритмов хранения и обработки последовательностей, базы данных последовательностей, программы анализа сигнальных путей, моделирование структур белков и другие практические и теоретические задачи в биоинформатике.
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Поиск мотивов, влияющих на вероятность продолжения клональнойлинии В-лимфоцитов | Sep 2016 | Nov 2016 | Артём Исмагилов | Яна Сафонова |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Algorithms for TSLR assembly | Jun 2016 | Sep 2016 | Иван Толстоганов | Антон Банкевич |
Analysis of immune response dynamics using Rep-seq data | Jun 2016 | Sep 2016 | Андрей Слабодкин | Яна Сафонова |
Application of SILAC data in antibiotic discovery | Jun 2016 | Sep 2016 | Сергей Чернов | Алексей Гуревич |
De novo detection of Ig germline segments using Rep-seq data | Jun 2016 | Sep 2016 | Тимофей Проданов | Яна Сафонова |
Drug synergy prediction based on transcriptomic signatures | Jun 2016 | Sep 2016 | Юрий Барбитов | Максим Артемов |
Epigenetic regulation of adipocyte differentiation | Jun 2016 | Sep 2016 | Дмитрий Смирнов | Рената Дмитриева |
Implementation of GPS-L as Python package | Jun 2016 | Sep 2016 | Иван Дмитриевский | Татьяна Татаринова |
SICER (?) 2 | Jun 2016 | Sep 2016 | Игорь Бездворных | Александр Предеус |
Оптимизация программного кода алгоритма быстрого поиска похожих образцов в метагеномных базах данных | Jun 2016 | Sep 2016 | Николай Ромащенко | Евгений Андронов |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Сравнительный анализ методов предсказания сайтов редактирования РНК в транскриптоме | Feb 2016 | Sep 2016 | Ирина Щукина |
Александр Канапин Анастасия Самсонова |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
ClusDec: де-ново деконволюция клеточных типов из данных транскрипции без использования клеточных подписей. | Sep 2015 | Sep 2015 | Александр Предеус | |
GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на основании транскрипции. | Sep 2015 | Sep 2015 |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Co-Assembly of Genomes from Multiple Single Cells | Jun 2015 | Sep 2015 | Вера Бушманова | Антон Банкевич |
Integrated analysis of high-throughput profiling of virus-host interactions | Jun 2015 | Sep 2015 | Екатерина Эсаулова | Максим Артемов |
Изучение работы скоров-предикторов патогенности мутаций | Jun 2015 | Sep 2015 | Илья Корвиго | Василий Ситник |
Поиск альтернативы MaxQuant для анализа протеомных данных (масс-спектрометрия без использования метки) | Jun 2015 | Sep 2015 | Полина Дроздова | Дарья Бедулина |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Эволюция геномов бактерий рода Lactobacillus | Feb 2015 | Sep 2015 | Ольга Бондарева | Михаил Гельфанд |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
BroadPeaks - ре-имплементация алгоритма SICER для определения пиков в соответствующих экспериментах ChIP-Seq. | Jun 2015 | Aug 2015 | Александр Предеус |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Адаптация алгоритма множественного выравнивания последовательностей библиотеки SeqAn для работы с глубокими выравниваниями | Sep 2014 | Jun 2015 | Олег Яснев | Knut Reinert |
Моделирование конформационных изменений структур вариабельных доменов антител | Sep 2014 | Jun 2015 | Тимофей Бондарев | Павел Яковлев |
Пайплайн для совмещения данных о топологически ассоциированных доменах ДНК с данными о характерных сочетаниях геномных маркеров | Sep 2014 | Jun 2015 | Святослав Сидоров | Александр Предеус |
Предсказание оксидирования метионина с использованием информации о третичной структуре белка | Sep 2014 | Jun 2015 | Игорь Гайдай | Павел Яковлев |
Реконструкция филогенетических деревьев на основе данных о перестройках и событиях вставок и удалений генов | Sep 2014 | Jun 2015 | Павел Авдеев | Максим Алексеев |
Сборка скаффолдов на основе анализа геномных перестроек | Sep 2014 | Jun 2015 | Надия Ситдыкова | Максим Алексеев |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Анализ поверхности взаимодействия белков и поиск наиболее значительных позиций методом in silico Ala-scan | Jul 2014 | Jun 2015 | Татьяна Малыгина | Павел Яковлев |
Новый подход для детекции делеций в данных NGS, полученных с использованием мультиплексной ПЦР | Jul 2014 | Jun 2015 | Герман Демидов | Антон Брагин |
Определение копийности контигов с использованием информации о сборке | Jul 2014 | Jun 2015 | Дмитрий Мелешко | Son Pham |
Построение и оценка качества репертуаров антител | Jul 2014 | Jun 2015 | Екатерина Старостина | Яна Сафонова |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Улучшение качества геномных сборок: поиск структурных ошибок и заполнение разрывов в скаффолдах | Mar 2015 | Jun 2015 | Анна Лиознова | Son Pham |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Mammalian Ragout | Jul 2014 | Mar 2015 | Анна Лиознова | Son Pham |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Ragout – a Tool for Assisted Assembly Using Multiple References | Sep 2013 | Jun 2014 | Михаил Колмогоров | Son Pham |
Аннотирование и гуманизация последовательностей вариабельных доменов иммуноглобулинов | Sep 2013 | Jun 2014 | Павел Яковлев | Александр Карабельский |
Моделирование данных бисульфитного секвенирования | Sep 2013 | Jun 2014 | Сергей Лебедев | Олег Шпынов |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
IG Container | Jul 2013 | Aug 2013 | Дмитрий Кузьминов | Александр Карабельский |
Reference-assisted assembly using colored breakpoint graphs | Jul 2013 | Aug 2013 | Михаил Колмогоров | Son Pham |
Анализ подходов к моделированию данных метилирования ДНК | Jul 2013 | Aug 2013 | Сергей Лебедев | Олег Шпынов |
Использование BLAST для нахождения гомологичных белков | Jul 2013 | Aug 2013 | Андрей Белобородов | Александр Карабельский |
Нахождение регионов в вариабельных доменах иммуноглобулинов | Jul 2013 | Aug 2013 | Константин Федоров | Александр Карабельский |
Система автоматической обработки иммуноглобулинов | Jul 2013 | Aug 2013 | Павел Яковлев | Александр Карабельский |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Sibelia: A comparative genomic tool | Sep 2012 | Jun 2013 |
Илья Минкин Михаил Колмогоров |
Son Pham |
Использование неравномерного покрытия ридами генома для разрешения повторов при секвенировании генома одной клетки | Sep 2012 | Jun 2013 | Ксения Крашенинникова | Дмитрий Антипов |
Моделирование различий в данных ChIP-seq | Sep 2012 | Jun 2013 | Алексей Диевский | Олег Шпынов |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Ancestral Genome Construction And Multiple Genomes Comparison | Feb 2012 | Jun 2012 | Сергей Князев | Son Pham |
Consequence | Feb 2012 | Jun 2012 | Сергей Лебедев | Николай Вяххи |
Echo + байесовская кластеризация | Feb 2012 | Jun 2012 |
Дмитрий Грошев Ирина Василинец |
Сергей Николенко |
Genomes Comparision via de Bruijn graphs | Feb 2012 | Jun 2012 | Илья Минкин | Son Pham |
ProtGen | Feb 2012 | Jun 2012 | Михаил Звягельский |
Гайк Тамазян Юрий Порозов |
Перспективы низкоуровневой оптимизации современных выравнивателей | Feb 2012 | Jun 2012 | Алексей Диевский | Олег Медведев |
Сравнительный анализ белков с целлюлазной активностью | Feb 2012 | Jun 2012 | Анна Иголкина | Юрий Порозов |
Название проекта | Начало | Окончание | Студент | Руководитель |
---|---|---|---|---|
Multiplex Spectrum Analysis | Sep 2011 | Dec 2011 | Ксения Крашенинникова | Кира Вяткина |
ProtGen | Sep 2011 | Dec 2011 | Алексей Диевский | Юрий Порозов |
Бикластеризация в масс-спектрометрии | Sep 2011 | Dec 2011 | Сергей Князев | Сергей Николенко |
Вычисление диаметра в задаче сортировки однохромосомных геномов транспозициями | Sep 2011 | Dec 2011 | Илья Минкин | Максим Алексеев |