Интеграция открытой метаболической баз данных в пайплайн для совместного анализа метаболических и транскрипционных данных

Задача: интеграция бесплатной метаболической базы MetaCyc в пакет GAM для совместного анализа изменений транскрипции и метаболизма.

В ходе проекта была изучена структура данных в базах типа BioCyc и написаны скрипты для вычленения нужных для пакета GAM данных. На данный момент база Metacyc встроена в пакет. Пока не получилось опробовать пакет на реальных данных по транскриптому клубенька по ряду причин. 

На данный момент имеются скрипты для использования с базами данных типа BioCyc. В дальнейших планах – доработка пакета для последующего анализа совместных данных по дифференциальной экспрессии генов обоих организмов в симбиотической системе горох-ризобия. В идеале хочется получить пакет, который работал бы с несколькими базами для различным типов организмов.