GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на основании транскрипции

GeneQuery - веб-сервер для генерации биологических гипотез на основании транскрипции.

GeneQuery - веб-сервер для поиска фенотипов по ко-экспрессируемым генам у мыши и человека,  использующий базу автоматически кластеризованных методом WGCNA.данных ДНК-микрочипов из базы GEO. Цель данного проекта - доработка и улучшение данного инструмента.

Так как интерфейс GeneQuery в момент выполнения проекта активно перерабатывался, мы сосредоточили свои усилия на разработке пайплайна для масштабного мета-анализа данных РНК-секвенирования, с помощью которых можно расширить базу GeneQuery. В рамках выполнения данного проекта нами был разработан пайплайн на основе программы kallisto. Используя данные базы Human Protein Atlas, мы опробовали данный метод для решения некоторых прикладных задач, а также сравнили работу программы kallisto с классическими и альтернативными инструментами для обработки данных RNA-Seq. По результатам данного сравнения, разработанный нами метод можно в дальнейшем использовать для доработки веб-сервера GeneQuery.